故事讲诉了遭受校园暴力的女高中生真子，在图书馆发现了一本有关忍者的儿童书《雷风刃》，这本书成了她唯一的心灵安慰。她的面前出现了书中的忍者西洛和尤亚，带着真子穿越到了江户时代。在伊贺的世界里通过传说中的忍者才藏的指南，真子开始了忍者修行，而《雷风刃》中的反派原田堪助出现在了现实世界草帽编制的梦想，三刀拼出的承诺。风车指引的航路，弹弓划开的谎言。佳肴传承的信念，樱花寄托的思念。繁花落尽的微笑，航船承载的意志。白骨孤独的乐章，鱼人无畏的守护。
